NetCDFを使うことが、即、人間とマシンにとって意味のある「自己記述的」データを作成することと等価ではありません。変数や次元の名前は意味のあるものを用い、存在する規約に従った形を取るべきです。次元に関しては（意味があると思われる場合には）対応する座標変数も与えるべきです。
属性は従属的な情報を供給する上で大変重要です。関連する規約に従い、対応する標準属性を使用することが大切です。属性の規約に一般的なアプリケーションソフトウェアのためのNetCDFライブラリ専用の属性やその規約が記述されています。
いくつかの団体はNetCDFデータ用に独自のコンベンション（付加的規約）やスタイルを定義しています。これらの規約やそれらの利用法についてはNetCDF Conventions site, http://www.unidata.ucar.edu/packages/NetCDF/conventions.html を参照してください。
上記の規約は都合の良い場合には使用すべきです。ローカルな使用のためにはしばしば付加的な規約が必要とされます。このような規約を敷く場合には、関連分野のユーザのためにも上記の NetCDF conventions siteに掲載しておくことが望ましいです。