2011 年 03 月 02 日現在, 以下の環境での動作が確認されています.
deepconv/arare をインストールと実行には以下のソフトウェアを事前にインストール しておく必要があります.
deepconv/arare のドキュメントは, 数理モデルと離散モデル解説は LaTex, コードリファレンスは RD, RDOC (Ruby Document) を用いて記述されています.
これらのドキュメントはソースツリー内ではコンパイル済となっていますが, ドキュメントの再コンパイルを行うためには, 以下のソフトウェアが必要です.
Debian GNU/Linux を使用する場合, 以下のバイナリパッケージが必要となります.
wget などでソースを入手
$ wget http://www.gfd-dennou.org/library/deepconv/arare/arare4_current.tgz
$ tar -xzvf arare4_current.tgz $ cd arare4-YYYYMMDD
コンパイラを指定する.
$ export FC=(コンパイラ名)
例えば g95 の場合,
$ export FC=g95
とする. 並列計算を行いたい場合には
$ export FC=mpif90
とする.
ソースを展開後, configure を実行して Mkinclude ファイルを作成する.
$ ./configure \ --with-netcdf=(netCDF ライブラリファイルの絶対パス) \ --with-gtool5=(gtool5 ライブラリファイルの絶対パス) \ --with-lapack=(LAPACK ライブラリファイルの絶対パス) \ --with-blas=(BLAS ライブラリファイルの絶対パス)
例えば Debian パッケージを利用している場合,
$ ./configure \ --with-netcdf=/usr/lib/libnetcdf-g95.a \ --with-gtool5=/usr/lib/gtool5-g95/lib/libgtool5.a \ --with-lapack=/usr/lib/liblapack-g95.a \ --with-blas=/usr/lib/libblas-g95.a
とすれば良い.
並列計算を行う場合には, gtool5 を mpif90 でコンパイルしておく.
デフォルトでは線形計算ライブラリとして LAPACK と BLAS を用いるように なっている. その他のライブラリを利用する場合は, 環境変数 LINSOLV に を指定して, 以下のように実行する.
$ LINSOLV=(線形計算ライブラリ名) ./configure \ --with-netcdf=(netCDF ライブラリファイルの絶対パス) \ --with-gtool5=(gtool5 ライブラリファイルの絶対パス) \ --with-library=(使用する線形計算ライブラリファイルの絶対パス)
作成した Mkinclude の各マクロを確認し, インストール先の環境にあわせて 適宜編集する.
注) 2009 年 03 月 11 日現在, LAPACK, BLAS 以外の線形計算ライブラリ として利用可能なのは, HITACHI SR11000 にインストールされている MATRIX だけである. これを使用する場合は LINSOLV=matrix を指定する.
コンパイルは GNU make を用いて行う.
ソースツリー直下で
$ make
を実行するとソース直下の以下のディレクトリに実行ファイルとライブラリ, モジュールファイルが展開される.
./lib ライブラリ libarare.a が格納される ./bin 実行ファイルが格納される ./include 各種 *.mod ファイルが格納される
bin 以下には次の実行ファイルが格納される.
arare 2 次元雲対流モデル arare_jupiter 2 次元雲対流モデル(木星の化学反応を考慮したもの) randomset 初期値用乱数設定コマンド (2 次元モデル用)
ソースツリー直下で
$ make mmc
を実行するとソース直下の以下のディレクトリに実行ファイルとライブラリ, モジュールファイルが展開される.
./lib ライブラリ libarare.a が格納される ./bin 実行ファイルが格納される ./include 各種 *.mod ファイルが格納される
bin 以下には次の実行ファイルが格納される.
arare 2 次元雲対流モデル(火星用) randomset 初期値用乱数設定コマンド (2 次元モデル用)
ソースツリー直下で
$ make mpi
を実行するとソース直下の以下のディレクトリに実行ファイルとライブラリ, モジュールファイルが展開される.
./lib ライブラリ libarare.a が格納される ./bin 実行ファイルが格納される ./include 各種 *.mod ファイルが格納される
bin 以下には次の実行ファイルが格納される.
ararempi 2 次元雲対流モデル(mpi 用) randomset 初期値用乱数設定コマンド (2 次元モデル用)
ソースツリー直下で
$ make 3d
を実行するとソース直下の以下のディレクトリに実行ファイルとライブラリ, モジュールファイルが展開される.
./lib ライブラリ libarare.a が格納される ./bin 実行ファイルが格納される ./include 各種 *.mod ファイルが格納される
bin 以下には次の実行ファイルが格納される.
arare_3d 3 次元雲対流モデル(湿潤大気用) ※ 2009 年 03 月 11 日現在, 開発中. arare_3d_dry 3 次元対流モデル(乾燥大気用) randomset_3d 初期値用乱数設定コマンド (3 次元モデル用)
$ make doc
$ make latex2html
src ディレクトリ以下のオブジェクトファイル, 実行ファイルの消去は
$ make clean
とする.
インストールの手引, 利用の手引とコードリファレンスの消去は
$ make clean.doc
とする. 数理モデル解説と離散モデル解説の消去は
$ make clean.latex2html
とする.
$ make clean.all
とすると, 上記のすべてと Mkinclude ファイルが消去される.
COPYRIGHT ライセンス
INSTALL.rd インストール手引き
Makefile Makefile
Mkinclude Makefile 用 include ファイル (configure から生成)
arare-earth.conf サンプル NAMELIST ファイル(地球設定)
arare-jupiter.conf サンプル NAMELIST ファイル(木星設定, バージョン 1)
arare-jupiter2.conf サンプル NAMELIST ファイル(木星設定, バージョン 2)
arare-mmc.conf サンプル NAMELIST ファイル(火星湿潤対流設定)
arare_3d.conf サンプル NAMELIST ファイル(3 次元設定)
bin/ 実行ファイル格納ディレクトリ (コンパイル時に作成)
css/ スタイルシート格納ディレクトリ
doc/ ドキュメント格納ディレクトリ
dai1bu/ 数理モデル解説格納ディレクトリ
dai2bu/ 離散モデル解説格納ディレクトリ
code_reference/ コードリファレンス格納ディレクトリ
tutorial/ チュートリアル
doc-mmc/ ドキュメント格納ディレクトリ(火星湿潤対流用)
dai1bu/ 数理モデル解説格納ディレクトリ
dai2bu/ 離散モデル解説格納ディレクトリ
code_reference/ コードリファレンス格納ディレクトリ
tutorial/ チュートリアル
include/ モジュール格納ディレクトリ (コンパイル時に作成)
lib/ ライブラリ格納ディレクトリ (コンパイル時に作成)
src/ ソースコード格納ディレクトリ
Makefile Makefile
chemdat/ 化学種の指定および物性値の設定と計算
dynamic/ 力学過程
env/ 基本場と擾乱場の初期条件を設定
io/ 入出力
main/ 主プログラム, 乱数生成, 診断量の計算
moist/ 湿潤物理過程
physics/ 物理過程
setup/ 初期化
util/ 平均微分演算, 境界条件等を計算する下請け計算
src-mmc/ ソースコード格納ディレクトリ(火星湿潤対流用)
Makefile Makefile
chemdat/ 化学種の指定および物性値の設定と計算
dynamic/ 力学過程
env/ 基本場と擾乱場の初期条件を設定
io/ 入出力
main/ 主プログラム, 乱数生成, 診断量の計算
moist/ 湿潤物理過程
physics/ 物理過程
setup/ 初期化
util/ 平均微分演算, 境界条件等を計算する下請け計算
sysmake/ Mkinclude のテンプレート置き場 (廃止予定)
Mkinclude.ffc ffc 用のテンプレート
Mkinclude.g95 g95 用のテンプレート
tools/ 解析や絵を描くのに使うツール群
