[dennou-ruby:004005] Re: Fwd: Re: gphysとruby-fftw3のインストール失敗

[Yuta Nakagawa <nakagawa@xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>]

乙部様

中川です。
ruby-dclのデモにて正常な動作を確認しました。
しかしgphysをインストールした後、gpviewに対するエラーが
 *** MESSAGE (SWDOPN) ***  GRPH1 : STARTED / IWS =  1.                         
/usr/local/share/ruby/site_ruby/numru/gphys/gphys_io.rb:388:in `parse_gturl': invalid URL: '[@|/]' between path & variable is not found (RuntimeError)

URL format: path[@|/]varname[,dimname=pos1[:pos2[:thinning_intv]][,dimname=...]]
	from /usr/local/share/ruby/site_ruby/numru/gphys/gphys_io.rb:459:in `open_gturl'
	from /usr/bin/gpview:865:in `<main>'
のように出ました。

----- Original Message -----
>> From: Yuta Nakagawa <nakagawa@xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>
>> To: dennou-ruby@xxxxxxxxxxx
>> Date: 2016-12-12 21:15:34
>> Subject: [dennou-ruby:004004] Re: Fwd: Re: gphysとruby-fftw3のインストール失敗
>> 
>> 乙部様
>> 
>> 中川です。
>> ありがとうございます、早速行います。
>> 
>> ----- Original Message -----
>> >> From: OTOBE, Naohito <otobe@xxxxxxxxxxxxxx>
>> >> To: dennou-ruby@xxxxxxxxxxx
>> >> Date: 2016-12-12 20:41:30
>> >> Subject: [dennou-ruby:004003] Re:  Re:  Re: Fwd: Re: gphysとruby-fftw3のインストール失敗
>> >> 
>> >> 中川様：
>> >> 
>> >> 乙部です。
>> >> dcl-c を手動で入れるのは少し問題があって、複雑な手順が必要です。
>> >> 
>> >> 7.1.3 でも.2 でもいいのですが .3 で説明します。
>> >> 
>> >> まず、最初に解凍したあと、
>> >> １）make clean します。（初めてならエラーが出ますが念のため）
>> >> ２）f2csrc ディレクトリの中の main.c を編集します。
>> >> 　　上の方と下の方に MAIN__ という関数を呼び出す、ところと宣言があります。
>> >> 　　この2行をコメントアウトしてあれば、復活させてください。
>> >> ３) 普通に作成します。インストールまでしてください。
>> >> ４）make clean した後、MAIN__ の2行をコメントアウトしてください。
>> >> ５）普通に make して 
>> >> インストールまでしてください。（何かエラーが出るかもしれませんが
>> >> 気にしなくて大丈夫なはずです。）
>> >> これで大丈夫だと思います。
>> >> 　
>> >> 解説すると、 MAIN__ がないと C-DCL で実行ファイルが動作しません。
>> >> そうすると、カラーマップ類などが用意できません。なので、最初の行程でそれを作成します。
>> >> しかし、今度は MAIN__ があると、Ruby側のmain とバッティングします。
>> >> そのため、ruby-dclがうまく動作しませんので、最終的には MAIN__ 
>> >> をコメントアウトした
>> >> C-DCLを利用する必要があります。
>> >> 
>> >> C-DCLはパッケージを作る素材として提供しているのみだったので
>> >> このような状態になっています。お手数をおかけしますが、試してみていただけますでしょうか。
>> >> 
>> >> この後、 gem で ruby-dclをインストールしていただけば使えるだろうと思います。
>> >> ruby-dcl のデモは　（たぶん） /var/lib/gems/2.3.0/gems/ruby-dcl-1.8.1/demo 
>> >> とかに
>> >> あるとおもうので、お試しいただければ。
>> >> 
>> >> 
>> >> 
>> >> On 2016/12/11 12:33, 西本絵梨子 wrote:
>> >> > 中川さま
>> >> >
>> >> > DCL-Cがきちんとインストールされているか、デモファイルとかを動かしてみて確かめてみてください。
>> >> > たとえば、demo/gokuraku/hop/ で
>> >> > $ make
>> >> > $ ./hop
>> >> > として、図が表示されますか？
>> >> >
>> >> > 西本
>> >> >
>> >> > 2016-12-08 15:37 GMT+09:00 Yuta Nakagawa <nakagawa@xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>:
>> >> >> 西本様
>> >> >>
>> >> >> dcl-cの時にはエラーらしきものは無いです。しかし、
>> >> >> ruby-dclのgem install時に、フォントをconvertできないというメッセージが数十行、
>> >> >> gphysのmake時に、初期化されずに使う関数、return文のない関数、暗黙的な宣言など
>> >> >> が出ているようです。
>> >> >>
>> >> >> 中川
>> >> >>
>> >> >> ----- Original Message -----
>> >> >>>> From: 西本絵梨子 <eriko@xxxxxxxxxxxxxx>
>> >> >>>> To: dennou-ruby@xxxxxxxxxxx
>> >> >>>> Date: 2016-12-08 11:09:56
>> >> >>>> Subject: [dennou-ruby:003997] Re: [dennou-ruby:003996] Fwd: Re: gphysとruby-fftw3のインストール失敗
>> >> >>>>
>> >> >>>> 中川さま
>> >> >>>>
>> >> >>>> dcl-c を make したときなどになにかエラーメッセージは出ていませんか？
>> >> >>>>
>> >> >>>> 西本
>> >> >>>>
>> >> >>>> 2016-12-08 0:18 GMT+09:00 Yuta Nakagawa <nakagawa@xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>:
>> >> >>>>> 西本様、西澤様
>> >> >>>>>
>> >> >>>>> 中川です。
>> >> >>>>> dclもdcl-Cもできていなかったようです。
>> >> >>>>> dcl-7.1.2とdcl-7.1.2-CについてMakefileの訂正を行い
>> >> >>>>> (dclのほうでは、lapackを入れていないためかf2cを拒否されたので、sysとexecを足しただけですが)、
>> >> >>>>> インストールし直したところ、 cdclclrなどが確認できました。
>> >> >>>>> ruby-dcl, gphysをインストールし直しましたが,
>> >> >>>>> gpview ~.ncを実行すると同じエラーがでました。
>> >> >>>>>
>> >> >>>>> ----- Original Message -----
>> >> >>>>>>> From: Yuta Nakagawa <nakagawa@xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>
>> >> >>>>>>> To: dennou-ruby@xxxxxxxxxxx
>> >> >>>>>>> Date: 2016-12-07 21:13:44
>> >> >>>>>>> Subject: [dennou-ruby:003995] Re: gphysとruby-fftw3のインストール失敗
>> >> >>>>>>>
>> >> >>>>>>> 西本様
>> >> >>>>>>>
>> >> >>>>>>> ありがとうございます。
>> >> >>>>>>> さきほどdcusersのML拝見致しました、
>> >> >>>>>>> そうですねdcl-c 7.1.2でやってみます。
>> >> >>>>>>>
>> >> >>>>>>> 中川
>> >> >>>>>>> ----- Original Message -----
>> >> >>>>>>>>> From: 西本絵梨子 <eriko@xxxxxxxxxxxxxx>
>> >> >>>>>>>>> To: dennou-ruby@xxxxxxxxxxx
>> >> >>>>>>>>> Date: 2016-12-07 20:39:36
>> >> >>>>>>>>> Subject: [dennou-ruby:003994] Re: [dennou-ruby:003993] Re: [dennou-ruby:003992] Re: gphysとruby-fftw3のインストール失敗
>> >> >>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>> 西本です。
>> >> >>>>>>>>> dcl-cの7.1.3を自分でコンパイルしてインストールされましたか？それならば、先週くらいにdcusersなどのメーリ
>> >> >>>>>>>>> ングリストで話題になっていた症状です。いちばん簡単な解決策はv7.1.2をインストールすること…かな？（わたしはそうした）
>> >> >>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>> http://www.gfd-dennou.org/library/dcl/dcl-7.1.2-C.tar.gz
>> >> >>>>>>>>> <http://www.gfd-dennou.org/library/dcl/dcl-7.1.3-C.tar.gz>
>> >> >>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>> 2016/12/07 20:16 "Seiya Nishizawa" <seiya@xxxxxxxxxxxxxx>:
>> >> >>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>> 西澤です
>> >> >>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>> dcl-c のインストールに失敗していると思われます。
>> >> >>>>>>>>> cdclclr とかを実行してみると確認できるかと思います。
>> >> >>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>> 西澤誠也
>> >> >>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>> 2016年12月7日 19:39 Yuta Nakagawa <nakagawa@xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>:
>> >> >>>>>>>>>> 西澤様
>> >> >>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>> ありがとうございます。
>> >> >>>>>>>>>> なるほど、そうだったのですね。
>> >> >>>>>>>>>> 4行目を書き換えてリトライしたところ、
>> >> >>>>>>>>>> gphysがインストールできました。
>> >> >>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>> 晴れてテストにgpviewを...と思ったのですが動かず、
>> >> >>>>>>>>>> (numru-miscとnumru-unitがちゃんとインストールされていなかったことと、
>> >> >>>>>>>>>> LD_LIBRARY_PATHにnetcdf関連のパスがなかったことを改善しましたが、)
>> >> >>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>> [nakagawayuta@localhost p04-exp]$ gpview Temp.nc
>> >> >>>>>>>>>>  *** MESSAGE (SWDOPN) ***  GRPH1 : STARTED / IWS =  1.
>> >> >>>>>>>>>> /usr/bin/gpview:854:in `gropn': [SWDOPN] BITMAP FILE DOES NOT EXIST.
>> >> >>>>>>>>> (RuntimeError)
>> >> >>>>>>>>>>         from /usr/bin/gpview:854:in `<main>'
>> >> >>>>>>>>>> [nakagawayuta@localhost p04-exp]$
>> >> >>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>> というエラーを解決できません。
>> >> >>>>>>>>>> 申し訳ありません、こちらについてもよろしいでしょうか...
>> >> >>>>>>>>>> よろしくお願いいたします。
>> >> >>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>> 中川雄太
>> >> >>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>> ----- Original Message -----
>> >> >>>>>>>>>>>> From: Seiya Nishizawa <seiya@xxxxxxxxxxxxxx>
>> >> >>>>>>>>>>>> To: Dennou-ruby <dennou-ruby@xxxxxxxxxxx>
>> >> >>>>>>>>>>>> Date: 2016-12-07 17:44:11
>> >> >>>>>>>>>>>> Subject: [dennou-ruby:003991] Re: [dennou-ruby:003990] Re:
>> >> >>>>>>>>> gphysとruby-fftw3のインストール失敗
>> >> >>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>> 西澤です
>> >> >>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>> 最近は gphys も gem で入れることが想定されていて、
>> >> >>>>>>>>>>>> このあたりはメンテされてないですね(webページの記述も古いです)。
>> >> >>>>>>>>>>>> 4行目を
>> >> >>>>>>>>>>>> $rb_18 = true
>> >> >>>>>>>>>>>> としてみてください。
>> >> >>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>> 西澤誠也
>> >> >>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>> 2016年12月7日 17:22 Yuta Nakagawa <nakagawa@xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>:
>> >> >>>>>>>>>>>>> 西澤様
>> >> >>>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>>> ありがとうございます。
>> >> >>>>>>>>>>>>> (i)まずruby-fftw3ですが
>> >> >>>>>>>>>>>>> gem install ruby-fftw3 -- with-narray-include=(narray.hのパス)
>> >> >>>>>>>>>>>>> としたところ、
>> >> >>>>>>>>>>>>> ...
>> >> >>>>>>>>>>>>> /usr/bin/ld: /usr/local/lib/libfftw3.a(apiplan.o): 再配置 R_X86_64_32S
>> >> >>>>>>>>> (`.rodata' に対する) は共有オブジェクト作成時には使用できません。-fPIC を付けて再コンパイルしてください。
>> >> >>>>>>>>>>>>> /usr/local/lib/libfftw3.a: シンボルを読み込めませんでした: 不正な値です
>> >> >>>>>>>>>>>>> collect2: エラー: ld はステータス 1 で終了しました
>> >> >>>>>>>>>>>>> make: *** [fftw3.so] エラー 1
>> >> >>>>>>>>>>>>> ...
>> >> >>>>>>>>>>>>> と返ってきたので、fftw3のCFLAGSを-fPICに指定してインストールし直し、再度
>> >> >>>>>>>>>>>>> [nakagawayuta@localhost work]$ gem install ruby-fftw3 --
>> >> >>>>>>>>> with-narray-include=/usr/local/lib64/ruby/site_ruby
>> >> >>>>>>>>>>>>> Fetching: ruby-fftw3-1.0.2.gem (100%)
>> >> >>>>>>>>>>>>> Building native extensions with: 'with-narray-include=/usr/loca
>> >> >>>>>>>>> l/lib64/ruby/site_ruby'
>> >> >>>>>>>>>>>>> This could take a while...
>> >> >>>>>>>>>>>>> Successfully installed ruby-fftw3-1.0.2
>> >> >>>>>>>>>>>>> Parsing documentation for ruby-fftw3-1.0.2
>> >> >>>>>>>>>>>>> unable to convert "\xC0" from ASCII-8BIT to UTF-8 for
>> >> >>>>>>>>> ext/numru/fftw3/fftw3.so, skipping
>> >> >>>>>>>>>>>>> unable to convert "\x89" from ASCII-8BIT to UTF-8 for
>> >> >>>>>>>>> ext/numru/fftw3/na_fftw3.o, skipping
>> >> >>>>>>>>>>>>> Installing ri documentation for ruby-fftw3-1.0.2
>> >> >>>>>>>>>>>>> 1 gem installed
>> >> >>>>>>>>>>>>> [nakagawayuta@localhost work]$
>> >> >>>>>>>>>>>>> ということで無事インストールできました、ありがとうございます。
>> >> >>>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>>> (ii)gphysについて
>> >> >>>>>>>>>>>>> Config->RbConfig
>> >> >>>>>>>>>>>>> とおきかえてみますと、エラー該当部分が
>> >> >>>>>>>>>>>>> /usr/share/rubygems/rubygems/core_ext/kernel_require.rb:55:in
>> >> >>>>>>>>> `require': cannot load such file -- ftools (LoadError)
>> >> >>>>>>>>>>>>>         from /usr/share/rubygems/rubygems/c
>> >> >>>>>>>>> ore_ext/kernel_require.rb:55:in `require'
>> >> >>>>>>>>>>>>>         from install.rb:8:in `<main>'
>> >> >>>>>>>>>>>>> となりました。しかしftoolsというファイルは存在しないようです。
>> >> >>>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>>> もう一つ疑問があるのですが、
>> >> >>>>>>>>>>>>> どうしてgphysのトップディレクトリでなくext/numru/gphysにextconf.rbがあるのでしょうか
>> >> >>>>>>>>>>>>> （http://ruby.gfd-dennou.org/products/gphys/ ではトップにあるように思えます）。
>> >> >>>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>>> ----- Original Message -----
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> From: Seiya Nishizawa <seiya@xxxxxxxxxxxxxx>
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> To: Dennou-ruby <dennou-ruby@xxxxxxxxxxx>
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> Date: 2016-12-07 10:22:52
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> Subject: [dennou-ruby:003989] Re: [dennou-ruby:003988]
>> >> >>>>>>>>> gphysとruby-fftw3のインストール失敗
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> 中川さん
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> gphys ですが、ログに
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> install.rb:3:in `<main>': Use RbConfig instead of obsolete and
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> deprecated Config.
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> とあるので、
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> 3行目の
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> include Config
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> を
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> include RbConfig
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> に変えてみてはどうでしょうか?
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> ruby-fftw3 ですが、
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> 環境変数 NARRAY_TYPE は設定せずに、
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> gem install ruby-fftw3 -- with-narray-include=(narray.hのパス)
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> とするといけますか？
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> 西澤誠也
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> 2016年12月3日 16:39 Yuta Nakagawa <nakagawa@xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>:
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>> 皆様、
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>> 初めまして、中川です。
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>> ただいまgphysのインストールを目指していますが、
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>> 本体とそのライブラリの1つruby-fftw3とがインストールできません。
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>> エラーのログファイルを添付します。
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>> 環境は
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>> CentOS Linux 7.2.1511
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>> gcc バージョン 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-4) (GCC)
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>> ruby 2.0.0p598 (2014-11-13) [x86_64-linux]
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>> です。
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>> よろしくお願いいたします。
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>> 中川雄太
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>> 東京大学大学院 理学系研究科
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>> 物理学専攻 宇宙理論研究室 修士課程1年
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>> nakagawa@xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>>>>>
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> --
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> Seiya Nishizawa
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> RIKEN Advanced Institute for Computational Science
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> Tel: +81-78-940-5754, Fax: +81-78-304-4972
>> >> >>>>>>>>>>>>>>> 7-1-26, Minatojima-minami-machi, Chuo-ku, Kobe, Hyogo 650-0047,
>> >> >>>>>>>>> Japan
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>> >> >>>>>>>>>>>> Seiya Nishizawa
>> >> >>>>>>>>>>>> RIKEN Advanced Institute for Computational Science
>> >> >>>>>>>>>>>> Tel: +81-78-940-5754, Fax: +81-78-304-4972
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>> >> >>>>>>>>> Seiya Nishizawa
>> >> >>>>>>>>> RIKEN Advanced Institute for Computational Science
>> >> >>>>>>>>> Tel: +81-78-940-5754, Fax: +81-78-304-4972
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>> >> >>>> 西本絵梨子 (Eriko Nishimoto) Ph.D.
>> >> >>>> 京都大学大学院理学研究科 地球惑星科学専攻　地球物理学教室(気象学研究室）
>> >> >>>> 〒606-8502　京都市左京区北白川追分町
>> >> >>>> http://www-mete.kugi.kyoto-u.ac.jp/eriko/
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>> >> 福岡大学 理学部 地球圏科学教室
>> >> Otobe,Naohito (E-Mail:otobe@xxxxxxxxxxxxxx)
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