[dennou-ruby:004000] Re: Fwd: Re: gphysとruby-fftw3のインストール失敗

[Yuta Nakagawa <nakagawa@xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>]

西澤様

dcl_raw.soと繋がっているlivcdcl??ファイルは存在しませんでしたが、
繋がっていないところにlibcdcl712.aなるファイルは存在するようです。

中川
----- Original Message -----
>> From: Seiya Nishizawa <seiya@xxxxxxxxxxxxxx>
>> To: Dennou-ruby <dennou-ruby@xxxxxxxxxxx>
>> Date: 2016-12-08 11:24:35
>> Subject: [dennou-ruby:003998] Re: [dennou-ruby:003996] Fwd: Re: gphysとruby-fftw3のインストール失敗
>> 
>> 西澤です
>> 
>> どこかに、古い libcdcl??.so が残っていて、それを見ている可能性がありますね。
>> ldd dcl_raw.so | grep libcdcl
>> とかして、7.1.2 としてインストールしたものかどうか、確認してみてください。
>> 
>> 
>> 西澤誠也
>> 
>> 2016年12月8日 0:18 Yuta Nakagawa <nakagawa@xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>:
>> > 西本様、西澤様
>> >
>> > 中川です。
>> > dclもdcl-Cもできていなかったようです。
>> > dcl-7.1.2とdcl-7.1.2-CについてMakefileの訂正を行い
>> > (dclのほうでは、lapackを入れていないためかf2cを拒否されたので、sysとexecを足しただけですが)、
>> > インストールし直したところ、 cdclclrなどが確認できました。
>> > ruby-dcl, gphysをインストールし直しましたが,
>> > gpview ~.ncを実行すると同じエラーがでました。
>> >
>> > ----- Original Message -----
>> >>> From: Yuta Nakagawa <nakagawa@xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>
>> >>> To: dennou-ruby@xxxxxxxxxxx
>> >>> Date: 2016-12-07 21:13:44
>> >>> Subject: [dennou-ruby:003995] Re: gphysとruby-fftw3のインストール失敗
>> >>>
>> >>> 西本様
>> >>>
>> >>> ありがとうございます。
>> >>> さきほどdcusersのML拝見致しました、
>> >>> そうですねdcl-c 7.1.2でやってみます。
>> >>>
>> >>> 中川
>> >>> ----- Original Message -----
>> >>> >> From: 西本絵梨子 <eriko@xxxxxxxxxxxxxx>
>> >>> >> To: dennou-ruby@xxxxxxxxxxx
>> >>> >> Date: 2016-12-07 20:39:36
>> >>> >> Subject: [dennou-ruby:003994] Re: [dennou-ruby:003993] Re: [dennou-ruby:003992] Re: gphysとruby-fftw3のインストール失敗
>> >>> >>
>> >>> >> 西本です。
>> >>> >> dcl-cの7.1.3を自分でコンパイルしてインストールされましたか？それならば、先週くらいにdcusersなどのメーリ
>> >>> >> ングリストで話題になっていた症状です。いちばん簡単な解決策はv7.1.2をインストールすること…かな？（わたしはそうした）
>> >>> >>
>> >>> >> http://www.gfd-dennou.org/library/dcl/dcl-7.1.2-C.tar.gz
>> >>> >> <http://www.gfd-dennou.org/library/dcl/dcl-7.1.3-C.tar.gz>
>> >>> >>
>> >>> >> 2016/12/07 20:16 "Seiya Nishizawa" <seiya@xxxxxxxxxxxxxx>:
>> >>> >>
>> >>> >> 西澤です
>> >>> >>
>> >>> >> dcl-c のインストールに失敗していると思われます。
>> >>> >> cdclclr とかを実行してみると確認できるかと思います。
>> >>> >>
>> >>> >> 西澤誠也
>> >>> >>
>> >>> >> 2016年12月7日 19:39 Yuta Nakagawa <nakagawa@xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>:
>> >>> >> > 西澤様
>> >>> >> >
>> >>> >> > ありがとうございます。
>> >>> >> > なるほど、そうだったのですね。
>> >>> >> > 4行目を書き換えてリトライしたところ、
>> >>> >> > gphysがインストールできました。
>> >>> >> >
>> >>> >> > 晴れてテストにgpviewを...と思ったのですが動かず、
>> >>> >> > (numru-miscとnumru-unitがちゃんとインストールされていなかったことと、
>> >>> >> > LD_LIBRARY_PATHにnetcdf関連のパスがなかったことを改善しましたが、)
>> >>> >> >
>> >>> >> > [nakagawayuta@localhost p04-exp]$ gpview Temp.nc
>> >>> >> >  *** MESSAGE (SWDOPN) ***  GRPH1 : STARTED / IWS =  1.
>> >>> >> > /usr/bin/gpview:854:in `gropn': [SWDOPN] BITMAP FILE DOES NOT EXIST.
>> >>> >> (RuntimeError)
>> >>> >> >         from /usr/bin/gpview:854:in `<main>'
>> >>> >> > [nakagawayuta@localhost p04-exp]$
>> >>> >> >
>> >>> >> > というエラーを解決できません。
>> >>> >> > 申し訳ありません、こちらについてもよろしいでしょうか...
>> >>> >> > よろしくお願いいたします。
>> >>> >> >
>> >>> >> > 中川雄太
>> >>> >> >
>> >>> >> > ----- Original Message -----
>> >>> >> >>> From: Seiya Nishizawa <seiya@xxxxxxxxxxxxxx>
>> >>> >> >>> To: Dennou-ruby <dennou-ruby@xxxxxxxxxxx>
>> >>> >> >>> Date: 2016-12-07 17:44:11
>> >>> >> >>> Subject: [dennou-ruby:003991] Re: [dennou-ruby:003990] Re:
>> >>> >> gphysとruby-fftw3のインストール失敗
>> >>> >> >>>
>> >>> >> >>> 西澤です
>> >>> >> >>>
>> >>> >> >>> 最近は gphys も gem で入れることが想定されていて、
>> >>> >> >>> このあたりはメンテされてないですね(webページの記述も古いです)。
>> >>> >> >>> 4行目を
>> >>> >> >>> $rb_18 = true
>> >>> >> >>> としてみてください。
>> >>> >> >>>
>> >>> >> >>>
>> >>> >> >>> 西澤誠也
>> >>> >> >>>
>> >>> >> >>>
>> >>> >> >>> 2016年12月7日 17:22 Yuta Nakagawa <nakagawa@xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>:
>> >>> >> >>> > 西澤様
>> >>> >> >>> >
>> >>> >> >>> > ありがとうございます。
>> >>> >> >>> > (i)まずruby-fftw3ですが
>> >>> >> >>> > gem install ruby-fftw3 -- with-narray-include=(narray.hのパス)
>> >>> >> >>> > としたところ、
>> >>> >> >>> > ...
>> >>> >> >>> > /usr/bin/ld: /usr/local/lib/libfftw3.a(apiplan.o): 再配置 R_X86_64_32S
>> >>> >> (`.rodata' に対する) は共有オブジェクト作成時には使用できません。-fPIC を付けて再コンパイルしてください。
>> >>> >> >>> > /usr/local/lib/libfftw3.a: シンボルを読み込めませんでした: 不正な値です
>> >>> >> >>> > collect2: エラー: ld はステータス 1 で終了しました
>> >>> >> >>> > make: *** [fftw3.so] エラー 1
>> >>> >> >>> > ...
>> >>> >> >>> > と返ってきたので、fftw3のCFLAGSを-fPICに指定してインストールし直し、再度
>> >>> >> >>> > [nakagawayuta@localhost work]$ gem install ruby-fftw3 --
>> >>> >> with-narray-include=/usr/local/lib64/ruby/site_ruby
>> >>> >> >>> > Fetching: ruby-fftw3-1.0.2.gem (100%)
>> >>> >> >>> > Building native extensions with: 'with-narray-include=/usr/loca
>> >>> >> l/lib64/ruby/site_ruby'
>> >>> >> >>> > This could take a while...
>> >>> >> >>> > Successfully installed ruby-fftw3-1.0.2
>> >>> >> >>> > Parsing documentation for ruby-fftw3-1.0.2
>> >>> >> >>> > unable to convert "\xC0" from ASCII-8BIT to UTF-8 for
>> >>> >> ext/numru/fftw3/fftw3.so, skipping
>> >>> >> >>> > unable to convert "\x89" from ASCII-8BIT to UTF-8 for
>> >>> >> ext/numru/fftw3/na_fftw3.o, skipping
>> >>> >> >>> > Installing ri documentation for ruby-fftw3-1.0.2
>> >>> >> >>> > 1 gem installed
>> >>> >> >>> > [nakagawayuta@localhost work]$
>> >>> >> >>> > ということで無事インストールできました、ありがとうございます。
>> >>> >> >>> >
>> >>> >> >>> > (ii)gphysについて
>> >>> >> >>> > Config->RbConfig
>> >>> >> >>> > とおきかえてみますと、エラー該当部分が
>> >>> >> >>> > /usr/share/rubygems/rubygems/core_ext/kernel_require.rb:55:in
>> >>> >> `require': cannot load such file -- ftools (LoadError)
>> >>> >> >>> >         from /usr/share/rubygems/rubygems/c
>> >>> >> ore_ext/kernel_require.rb:55:in `require'
>> >>> >> >>> >         from install.rb:8:in `<main>'
>> >>> >> >>> > となりました。しかしftoolsというファイルは存在しないようです。
>> >>> >> >>> >
>> >>> >> >>> > もう一つ疑問があるのですが、
>> >>> >> >>> > どうしてgphysのトップディレクトリでなくext/numru/gphysにextconf.rbがあるのでしょうか
>> >>> >> >>> > （http://ruby.gfd-dennou.org/products/gphys/ ではトップにあるように思えます）。
>> >>> >> >>> >
>> >>> >> >>> >
>> >>> >> >>> > ----- Original Message -----
>> >>> >> >>> >>> From: Seiya Nishizawa <seiya@xxxxxxxxxxxxxx>
>> >>> >> >>> >>> To: Dennou-ruby <dennou-ruby@xxxxxxxxxxx>
>> >>> >> >>> >>> Date: 2016-12-07 10:22:52
>> >>> >> >>> >>> Subject: [dennou-ruby:003989] Re: [dennou-ruby:003988]
>> >>> >> gphysとruby-fftw3のインストール失敗
>> >>> >> >>> >>>
>> >>> >> >>> >>> 中川さん
>> >>> >> >>> >>>
>> >>> >> >>> >>> gphys ですが、ログに
>> >>> >> >>> >>> install.rb:3:in `<main>': Use RbConfig instead of obsolete and
>> >>> >> >>> >>> deprecated Config.
>> >>> >> >>> >>> とあるので、
>> >>> >> >>> >>> 3行目の
>> >>> >> >>> >>> include Config
>> >>> >> >>> >>> を
>> >>> >> >>> >>> include RbConfig
>> >>> >> >>> >>> に変えてみてはどうでしょうか?
>> >>> >> >>> >>>
>> >>> >> >>> >>>
>> >>> >> >>> >>> ruby-fftw3 ですが、
>> >>> >> >>> >>> 環境変数 NARRAY_TYPE は設定せずに、
>> >>> >> >>> >>> gem install ruby-fftw3 -- with-narray-include=(narray.hのパス)
>> >>> >> >>> >>> とするといけますか？
>> >>> >> >>> >>>
>> >>> >> >>> >>>
>> >>> >> >>> >>> 西澤誠也
>> >>> >> >>> >>>
>> >>> >> >>> >>> 2016年12月3日 16:39 Yuta Nakagawa <nakagawa@xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>:
>> >>> >> >>> >>> > 皆様、
>> >>> >> >>> >>> >
>> >>> >> >>> >>> > 初めまして、中川です。
>> >>> >> >>> >>> > ただいまgphysのインストールを目指していますが、
>> >>> >> >>> >>> > 本体とそのライブラリの1つruby-fftw3とがインストールできません。
>> >>> >> >>> >>> >
>> >>> >> >>> >>> > エラーのログファイルを添付します。
>> >>> >> >>> >>> > 環境は
>> >>> >> >>> >>> > CentOS Linux 7.2.1511
>> >>> >> >>> >>> > gcc バージョン 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-4) (GCC)
>> >>> >> >>> >>> > ruby 2.0.0p598 (2014-11-13) [x86_64-linux]
>> >>> >> >>> >>> > です。
>> >>> >> >>> >>> >
>> >>> >> >>> >>> > よろしくお願いいたします。
>> >>> >> >>> >>> >
>> >>> >> >>> >>> > 中川雄太
>> >>> >> >>> >>> > 東京大学大学院 理学系研究科
>> >>> >> >>> >>> > 物理学専攻 宇宙理論研究室 修士課程1年
>> >>> >> >>> >>> > nakagawa@xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
>> >>> >> >>> >>>
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>> >>> >> >>> >>>
>> >>> >> >>> >>> --
>> >>> >> >>> >>> Seiya Nishizawa
>> >>> >> >>> >>> RIKEN Advanced Institute for Computational Science
>> >>> >> >>> >>> Tel: +81-78-940-5754, Fax: +81-78-304-4972
>> >>> >> >>> >>> 7-1-26, Minatojima-minami-machi, Chuo-ku, Kobe, Hyogo 650-0047,
>> >>> >> Japan
>> >>> >> >>> >>>
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>> >>> >> >>> Seiya Nishizawa
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>> >>> >> RIKEN Advanced Institute for Computational Science
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