ビルドの手順

システムに gfortran, MPI ライブラリがインストールされていることを前提とします.

インストール先は /work01/sugiyama/usr/local/ としている． 適宜読み替えてほしい．

NetCDF のインストール

環境変数の設定

$ export FC=gfortran
$ export CC=gcc
$ export CPP=
$ exporrt CXX=g++

HDF のインストール

<URL:https://www.hdfgroup.org/downloads/hdf5> から hdf5 をダウンロードし，インストールする．

$ tar zxvf hdf5-1.12.0.tar.gz
$ cd hdf5-1.12.0/
$ ./configure --prefix=/work01/sugiyama/usr/local --enable-fortran 
$ make
$ make install

NetCDF ver.4

<URL:https://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/> から， netcdf-c と netcdf-fortran をダウンロードし，インストールする．

$ wget https://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/ftp/netcdf-c-4.7.4.tar.gz
$ wget https://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/ftp/netcdf-fortran-4.5.3.tar.gz

$ export LDFLAGS=-L/work01/sugiyama/usr/local/lib
$ export CPPFLAGS=-I/work01/sugiyama/usr/local/include
$ export LD_LIBRARY_PATH=/work01/sugiyama/usr/local/lib/:$LD_LIBRARY_PATH

$ tar zxvf netcdf-c-4.7.4.tar.gz 
$ cd netcdf-c-4.7.4/
$ ./configure --prefix=/work01/sugiyama/usr/local --enable-netcdf-4 
$ make
$ make install

$ tar zxvf netcdf-fortran-4.5.3.tar.gz 
$ cd netcdf-fortran-4.5.3/
$ ./configure --prefix=/work01/sugiyama/usr/local/
$ make
$ make install

BLAS, LAPACK

<URL:http://www.netlib.org/lapack/> よりダウンロード・インストール.

$ wget https://github.com/Reference-LAPACK/lapack/archive/v3.9.0.tar.gz
$ tar zxvf v3.9.0.tar.gz 
$ cd lapack-3.9.0/
$ cp INSTALL/make.inc.gfortran make.inc
$ make blaslib
$ make lapacklib
$ make tmglib
$ cp librefblas.a ~/usr/local/lib/libblas.a
$ cp liblapack.a ~/usr/local/lib/
$ cp libtmglib.a ~/usr/local/lib/libtmg.a

OpenMPI

OpenMPI は ver. 5.0.8 が最新であった．それをダウンロードする．

# wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v5.0/openmpi-5.0.8.tar.gz

$ tar zxvf openmpi-5.0.8.tar.gz

$ cd openmpi-5.0.8

$ lv README

PBS と連携させるときは --with-tm=<directory> をつけることがわかる. 

$ mkdir build

$ cd build

$ ../configure --prefix=/home/sugiyama/usr/local/ --with-tm=/opt/pbs/ --enable-shared --enable-static --enable-mpi-interface-warning 

$ make -j 8

$ make install

gtool5 (MPI 対応)

<URL:http://www.gfd-dennou.org/library/gtool/gtool5/> よりダウンロード・インストール．

$ wget http://www.gfd-dennou.org/library/gtool/gtool5/gtool5_current.tgz
$ tar zxvf gtool5_current.tgz 
$ cd gtool5-20160613/

MPI 対応でインストール (シングル版の場合は, FC=gfortran として，--enable-mpi を付けない).

$ export FC=mpifort
$ SYSFFLAGS=-I/work01/sugiyama/usr/local/include/ ./configure --prefix=/work01/sugiyama/usr/local/ --with-netcdf=/work01/sugiyama/usr/local/lib/libnetcdf.a --with-netcdff=/work01/sugiyama/usr/local/lib/libnetcdff.a --enable-mpi
$ make install

deepconv のインストール

configure に --with-mpi オプションのみ指定すれば良い． gt5frt は gfortran のラッパーで，netcdf や gtool などのライブラリパスが指定されている.

$ git clone https://github.com/gfd-dennou-club/Dennou-deepconv-arare6.git
$ export FC=gt5frt
$ ./configure --with-mpi
$ make

bin 以下にバイナリが作成される.